As maiores incidências de problemas com auto-medicação estão ligados à intoxicação e às reações de hipersensibilidade ou alergia manifestada por pequena irritação.
Em algumas situações ou em determinados pacientes estas complicações podem ser fatais, mas o normal é o agravamento de doença .
É que o uso do medicamento sem acompanhamento médico pode esconder alguns sintomas e algum tempo depois a doença volta a se manifestar de forma mais grave.
Por outro lado, quando o consumidor negligencia no tratamento, reduzindo ou interrompendo o uso do medicamento antes de atingir a dosagem e o tempo de tratamento prescritos pelo médico, pode-se ter o aparecimento de outras doenças devido ao agravamento da primeira. Exemplo: um simples resfriado, por exemplo, pode transformar-se em pneumonia.